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2x01 | The Serpent's Lair
La SG-1 deve fermare la forza d'invasione di Apophis prima che raggiunga la Terra, e fuggire con le proprie vite.
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2x02 | In the Line of Duty
Carter viene posseduta da un Goa'uld che asserisce di essere un nemico dei Signori del Sistema. Il Goa'uld, Jolinar di Malkshur, è inseguito da un assassino.
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2x03 | Prisoners
La SG-1 viene processata ed esiliata su un mondo prigione dove incontra una donna che mantiene uno strano controllo sui prigionieri.
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2x04 | The Gamekeeper
I membri della SG-1 vengono intrappolati in una specie di realtà virtuale che li obbliga a rivivere i momenti più difficili delle loro vite...
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2x05 | Need
Daniel Jackson diventa fisicamente dipendente da un sarcofago Goa'uld...
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2x06 | Thor's Chariot
La SG-1 ritorna su Cimmeria, e scopre che senza il Martello di Thor il pianeta è stato invaso dai Goa'uld...
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2x07 | Message in a Bottle
La SG-1 scopre un antico manufatto alieno che prenderà in ostaggio O'Neill e l' SGC.
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2x08 | Family
La SG-1 tenta di recuperare Rya'c, il figlio di Teal'c, catturato e plagiato da Apophis..
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2x09 | Secrets
Jackson scopre che sua moglie è tornata ad Abydos e che è al 9° mese di gravidanza, incinta del figlio di Apophis. O'Neill deve mantenere il segreto sullo Stargate, e Carter scopre che suo padre sta morendo...
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2x10 | Bane
Teal'c viene infettato da un veleno mortale proveniente da un insetto gigante, e inizia una terribile trasformazione.
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2x11 | The Tok'ra, part 1
La SG-1 localizza i Tok'ra, un movimento di resistenza che si oppone ai Signori del Sistema, nel tentativo di formare un'alleanza.
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2x12 | The Tok'ra, part 2
Mentre la SG-1 cerca di formare un'alleanza con i Tok'ra, una spia tradisce i ribelli; intanto Jacob scopre che i Tok'ra sono la sua unica possibilità per sopravvivere.
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2x13 | Spirits
La SG-1 scopre un pianeta abitato da Indiani d'America, protetti da "spiriti" che si riveleranno essere alieni mutaforma.
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2x14 | Touchstone
La SG-1 è accusata di aver rubato un dispositivo, ed a causa di ciò, un pianeta e il suo popolo sono nel caos. La squadra scopre che il secondo Stargate è stato utilizzato...
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2x15 | A Matter of Time
Dopo aver aperto lo Stargate su un mondo che sta per essere inghiottito da un buco nero, l'SGC non riesce più a chiudere il portale.
Tutta la Terra viene messa in pericolo dalla distorsione temporale causata dal campo gravitazionale dell'anomalia.
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2x16 | The Fifth Race
O'Neill diviene l'inconsapevole custode di un sapere alieno e finisce per incontrare gli Asgard.
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2x17 | The Serpent Song
Apophis, il più grande nemico della SG-1, chiede asilo ai Tau'ri da Sokar e finisce per ritrovarsi in fin di vita allo SGC.
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2x18 | Holiday
La SG-1 viene in contatto con un vecchio uomo conosciuto per aver sviluppato una tecnologia in grado di combattere i Goa'uld, ma una sua invenzione causa uno scambio di corpi tra lui e Daniel.
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2x19 | One False Step
Un gruppo di alieni primitivi viene contagiato da una malattia mortale dopo l'arrivo della SG-1 sul loro pianeta.
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2x20 | Show and Tell
Un ragazzino arriva dallo Stargate e avverte di un piano di invisibili alieni: uccidere tutti gli umani per impedire ai Goa'uld di poter usare i loro corpi.
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2x21 | 1969
Un'eruzione solare trasporta la SG-1 indietro nel tempo di 30 anni sulla Terra dove devono riuscire a trovare lo Stargate per tornare a casa.
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2x22 | Out of Mind
O'Neill, Carter e Daniel si svegliano dalla stasi in quello che sembra essere il Comando Stargate 79 anni nel futuro.
Ai tre viene chiesto di ricordare eventi chiave dei loro viaggi e della loro battaglie contro i Goa'uld.
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