3x01 | No Man's Land

McKay e Ronon sono tenuti in ostaggio su una delle due navi alveare Wraith in rotta verso la Terra. E con loro Sheppard, che è stato risucchiato nel corridoio subspaziale, aperto dalle navi alveare.

3x02 | Misbegotten

Sheppard, Mc Kay, Ronon e Caldwell tornano ad Atlantis a bordo della nave Wraith, con circa 200 umani ex-wraith in stasi.

3x03 | Irresistible

Sheppard, Teyla, McKay e Ronon giungono in un villaggio dove incontrano il gioviale Lucius Luvin, che mostra loro le sue sei mogli mentre propone di scambiare la loro nave per alcune erbe locali dalle fantomatiche proprietà curative.

3x04 | Sateda

Il team di Sheppard è in missione su uno dei pianeti raggiungibili via Stargate, quando viene attaccato dagli abitanti del pianeta.

3x05 | Progeny

Il team di Atlantis viene invitato su un pianeta amichevole che possiede una tecnologia identica a quella degli Antichi...

3x06 | The Real World

La Dottoressa Weir si sveglia sulla Terra in un ospedale psichiatrico. Le viene detto che tutto quello che è successo negli ultimi 2 anni è solo frutto di un esaurimento nervoso. Il Generale O'Neill cerca di aiutarla ad uscire dall'incubo...o dalla realtà?

3x07 | Common Ground

Durante una missione Sheppard viene catturato dai Genii, ritrovandosi così faccia a faccia con il redivio Kolia

3x08 | McKay and Mrs Miller

Il Dr. McKay viene richiamato sulla Terra dal maggiore Carter per capire se le nuove equazioni, ideate da sua sorella, possono contribuire alla creazione di un nuovo ZPM.

3x09 | Phantoms

Una delle squadre di ricognizione di Atlantide è dispersa e la Dottoressa Weir decide di inviare Sheppard con una squadra per ritrovarla.

3x10 | The Return, part 1

Su Atlantis si sta cercando di ovviare alla perdita dello Zpm, quando McKay si accorge dell'arrivo di una nave. Gli Antichi stanno tornando a casa.

3x11 | The Return, part 2

Woolsey e O’Neill si sono nascosti in una zona della città, speranzosi nei soccorsi, anche se O’Neill afferma di aver ordinato alla Daedalus di distruggere la città con una testata nucleare, per impedire agli Asurani di raggiungere la Terra.

3x12 | Echoes

Sheppard recupera Zelenka e Ronon dalla terraferma dopo un sorta di campeggio. Quando i tre arrivano in zona Atlantide, rimangono interdetti non riuscendola a trovare, sembra essere scomparsa.

3x13 | Irresponsible

Un'Athosiano riferisce a Teyla che su un pianeta gli abitanti di un villaggio dicono di avere un eroe con poteri soprannaturali che li protegge da qualunque minaccia.

3x14 | Tao of Rodney

Durante l'esplorazione di un settore ancora sconosciuto di Atlantide, McKay e Zelenka si imbattono in un macchinario sconosciuto degli Antichi.

3x15 | The Game

Sheppard e McKay scoprono che i loro rispettivi videogiochi stanno in realtà controllando la vita reale di un intero pianeta, che ora si trova sull'orlo di una guerra.

3x16 | The Ark

La squadra scopre l'ultimo superstite di un'intera civiltà in animazione sospesa, la cui sopravvivenza viene messa a repentaglio nel momento in cui la loro stazione viene seriamente danneggiata.

3x17 | Sunday

Una tipica domenica pomeriggio ad Atlantide diventa tutto tranne che normale dopo l'esplosione di una bomba.

3x18 | Submersion

La nuova missione per la squadra è trovare una fonte di energia alternativa sotto la superficie dell'oceano.

3x19 | Vengeance

Quando la squadra di Atlantis, perde il contatto con i Taranans, la Dr.ssa Weir decide di indagare.

3x20 | First Strike, part 1

Ad Atlantide è tempo di grandi cambiamenti dopo che la vita della città è rimasta sconvolta dall’improvviso decesso del dottor Beckett, la dottoressa Jennifer Keller è chiamata all’arduo compito di sostituire Carson.