4x01 | Adrift

Alla deriva nello spazio profondo e con lo scudo protettivo della città venuto meno, il Dottor MacKay ed il resto del team fanno del loro meglio per tenere Atlantide in piedi. Una profonda ferita minaccia la vita della Dottoressa Weir.

4x02 | Lifeline

Il Colonnello Shepard e la sua squadra si imbarcano in una rischiosa missione con lo scopo di sottrarre un modulo ZPM nelle mani dei Replicatori.

4x03 | Reunion

Un gruppo di abitanti del pianeta di Ronon chiede aiuto alla squadra Atlantis per organizzare l'assalto di una base armata dei Wraith.

4x04 | Doppelganger

Nel corso di una missione su di un pianeta sconosciuto, il Colonnello Sheppard diviene l'ospite inconsapevole di un'entità aliena.

4x05 | Travelers

Il Colonnello Sheppard viene catturato dagli abitanti di un vascello generazionale che vogliono servirsi della sua abilità nell'utilizzare la tecnologia degli Antichi per i loro fini.

4x06 | Tabula Rasa

Un virus causa un'amnesia in tutti gli abitanti di Atlantide, ad eccezione di Teyla e Ronon.

4x07 | Missing

Durante una visita su New Athos, Teyla e la dottoressa Keller incrociano la loro strada con quella di una primitiva tribù di guerrieri, i Bola Kai.

4x08 | The Seer

Gli uomini della squadra si imbattono in un uomo con straordinarie abilità profetiche, il quale anticipa un oscuro futuro per la città di Atlantide. Gli alieni Wraith cercano una nuova alleanza con la base per vincere la loro guerra contro i Replicanti.

4x09 | Miller's Crossing

McKay chiede aiuto a sua sorella Jeanie per una ricerca nella quale non riesce a progredire. Nella notte un gruppo irrompe nella camera dei Miller e la rapisce. Rodney, incredulo, tornerà sulla terra per cercare di ritrovare la sorella.

4x10 | This Mortal Coil

Un misterioso drone precipita nei pressi della città.

4x11 | Be all my sins remember'd

La spedizione di atlantis e il Wraith congiungono le forze per eseguire un piano audace contro un nemico comune

4x12 | Spoils of War

Una trasmissione dallo spazio permette alla squadra di scoprire un luogo dove vengono creati soldati Wraith.

4x13 | Quarantine

L'intera città viene bloccata a causa di una quarantena e, mentre in vari settori l'ossigeno inizia a mancare, McKay non riesce a raggiungere un computer per trovare una soluzione.

4x14 | Harmony

Sheppard e McKay scortano la futura regina di un pianeta amico nella sua prova regale e cadranno in un'imboscata di nemici che risulteranno loro familiari.

4x15 | Outcast

Tornato sulla terra per il funerale del padre Sheppard farà una preoccupante scoperta.

4x16 | Trio

Carter, McKay e la dottoressa Keller cadono in una miniera abbandonata dai Genii e vi rimangono intrappolati.

4x17 | Midway

Teal'c viene chiamato ad Atlantis per dare dei consigli al testardo Ronon su come comportarsi al colloquio con l'I.O.A. Ma al loro passaggio sulla stazione Midway si troveranno impegnati con un'invasione Wraith che vuole raggiungere la terra.

4x18 | The Kindred, Part 1

Teyla ha delle visioni sul padre di suo figli e si convince che sia ancora vivo da qualche parte e che sta cercando di comunicare con lei.

4x19 | The Kindred, Part 2

Mentre Teyla cerca un modo di fuggire dalla prigionia di Michael l'intera squadra rimane shockata quando un vecchio amico, creduto morto da tempo, si riaffaccia nelle loro vite.

4x20 | The Last Man

Dopo l'ennesimo tentativo di trovare Teyla, Sheppard ritorna su Atlantide e la trova misteriosamente abbandonata e circondata da sabbia.