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3x01 | Into the Fire
Carter, Daniel e O'Neill devono riuscire a liberarsi dalle grinfie di Hathor, mentre Teal'c cerca di radunare un'armata di Jaffa su Chulak.
Il Generale Hammond è disposto ad usare misure estreme pur di salvare i suoi unomini.
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3x02 | Seth
La SG-1 deve trovare un Goa'uld rinnegato che si nasconde sulla Terra da migliaia di anni.
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3x03 | Fair Game
Gli Asgard aiutano i Tau'ri a negoziare un patto di non aggressione con tre Signori del Sistema Goa'uld.
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3x04 | Legacy
Quando Daniel diventa pazzo, la SG-1 deve fare i conti con un virus anti-Goa'uld creato da Ma'chello.
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3x05 | Learning Curve
La SG-1 scopre un pianeta in cui i bambini sono usati per acquisire conoscenze per il resto della popolazione per poi essere abbandonati.
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3x06 | Point of View
La SG-1 deve liberare la Terra della realtà alternativa da un’invasione Goa’uld.
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3x07 | Deadman Switch
La SG-1 è tenuta prigioniera di un cacciatore di taglie aliena dalla dubbia lealtà.
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3x08 | Demons
La SG-1 incontra una società Cristiana medioevale terrorizzata da Sokar e da un Unas, ed è accusata di essere posseduta dal diavolo.
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3x09 | Rules of Engagement
La SG-1 scopre un campo militare dove giovani ragazzi sono addestrati ad impersonare soldati del Comando SG per infiltrarsi sulla Terra.
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3x10 | Forever in a Day
Daniel Jackson deve fare i conti con la morte di sua moglie, Sha're, per mano di Teal'c.
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3x11 | Past and Present
La SG-1 scopre un pianeta in cui abitanti soffrono di una strana amnesia, ed un vecchio nemico ritorna sotto altre spoglie.
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3x12 | Jolinar's Memories
Quando il padre del Maggiore Carter viene rapito da Sokar, la SG-1 deve infiltrarsi in una luna prigione simile ad un Inferno per salvarlo.
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3x13 | The Devil You Know
La SG-1 deve fuggire dalla infernale luna prigione e da uno dei suoi peggiori nemici.
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3x14 | Foothold
La SG-1 ritorna da una missione e scopre che degli alieni metamorfici hanno invaso il Comando.
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3x15 | Pretense
I Tollan mettono alla prova Skaara e Klorel per decidere chi dovrà controllare il corpo ospite.
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3x16 | Urgo
Alla SG-1 vengono impiantati nel cervello dei microdispositivi che gli permettono di vedere un bizzarro individuo il quale gli dice che probabilmente non sopravviveranno alla procedura di rimozione.
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3x17 | A Hundred Days
O'Neill si ritrova intrappolato su un pianeta senza nessuna speranza di essere salvato.
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3x18 | Shades of Gray
O'Neill ruba un dispositivo Tollan ed è costretto a lasciare il programma Stargate ma Maybourne gli fa una proposta interessante.
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3x19 | New Ground
La SG-1 viene imprigionata su un pianeta e diventa la pedina di una guerra ideologica.
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3x20 | Maternal Instinct
La SG-1 scopre il leggendario pianeta Kheb e deve trovare l'Harcesis prima che lo faccia Apophis
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3x21 | Crystal Skull
Un artefatto alieno fa diventare invisibile Daniel, e l'unica persona che può aiutarlo è suo nonno, ricoverato in una clinica psichiatrica.
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3x22 | Nemesis
La SG-1 deve affrontare delle creature che neanche gli Asgard sono riusciti a controllare ed è costretta a distruggere il vascello di Thor prima che le creature lo facciano schiantare sulla Terra.
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