2x01 | The Siege, part 3

Atlantis e il ritorno a casa della spedizione sono in serio pericolo, intanto i Wraith affondano l'attacco penetrando nelle difese della città. E' scontro corpo a corpo.

2x02 | The Intruder

La Dedalus viene infettata dal un virus partito da un computer Wraith, mentre i membri della spedizione di atlantis sperano di tornare sulla Terra.

2x03 | Runner

Il maggiore Lorne e uno scienziato si imbattono nel cadavere di un Wraith e allarmati tornano ad Atlantis.

2x04 | Duet

Tramite un dispositivo Wraith, la coscienza del Tenente Cadman viene trasferita nella testa di McKay. Quest'ultimo, con l'aiuto del fido Zelenka, cerca una maniera per ristabilire le cose

2x05 | Condemned

I componenti della squadra Atlantis scoprono una cultura che vive quasi in armonia con i Wraith consegnando loro i peggiori criminali, ma precipitano sulla colonia penale...

2x06 | Trinity

McKay mette a rischio la squadra quando cerca di migliorare una tecnologia mai portata a termine dagli Antichi, responsabile dell'annientamento di un'intera civiltà. Ronon Dex scopre che il suo ex allenatore militare è sopravvissuto all'attacco Wraith...

2x07 | Instinct

La squadra scopre una giovane donna Wraith che è stata allevata da esseri umani e si nasconde alla gente del suo villaggio per paura che le venga fatto del male.

2x08 | Conversion

Il Colonnello Sheppard inizia a subire strane mutazioni...

2x09 | Aurora

La squadra incontra una nave degli Antichi, con ancora un Antico vivo a bordo.

2x10 | The Lost Boys

La squadra riesce a localizzare il Tenente Ford, il quale sta guidando una squadra di giovani uomini, alterati dall'enzima Wraith e che vuole addestrare per un attacco suicida ad una nave alveare Wraith.

2x11 | The Hive

McKay lotta contro il tempo per riuscire a recuperare Sheppard e Ronon, che sono stati catturati e tenuti in ostaggio su una nave alveare Wraith.

2x12 | Epiphany

Sheppard si trova su un pianeta sul quale il tempo passa molto più velocemente rispetto al normale, senza aver la possibilità di contattare la sua squadra o tornare su Atlantis.

2x13 | Critical Mass

Quando i rilevatori di Wraith, presenti in Atlantis, segnalano la presenza di uno di loro nella città, i sospetti ricadono sull'ultimo arrivato dalla Terra.

2x14 | Grace Under Pressure

McKay si ritrova intrappolato in un Puddlejumper che si è schiantato sott'acqua. Il resto della squadra cerca di salvarlo.

2x15 | The Tower

La squadra trova un mondo in possesso di armi di difesa con tecnologia degli Antichi. Sheppard rimane coinvolto in una disputa tra gli eredi al trono di questo mondo.

2x16 | The Long Goodbye

La squadra recupera due capsule di salvataggio che contengono, nei loro sistemi, le menti di due alieni che riescono con l'inganno, a prendere il controllo dei corpi della Weir e di Sheppard, potendo così continuare la loro personale sfida.

2x17 | Coup d'Etat

Sheppard e il resto del team, vengono mandati alla ricerca di una squadra dispersa e, inaspettatamente, si trovano nel bel mezzo di un colpo di stato dei Genii

2x18 | Michael

Un Tenente affetto da amnesia fa delle scoperte sconcertanti sul suo conto. E' un Wraith trasformato da una droga creata dal Dott. Beckett.

2x19 | Inferno

Il Dott. McKay deve riuscire a salvare la squadra che si trova sotto attacco su un pianeta con un gigantesco vulcano e per giunta, senza apparenti via di fuga.

2x20 | Allies

Atlantis unisce le proprie forse con una fazione Wraith guidata da Micheal, il Wraith che Beckett ha tentato di riportare a umano, per distruggere il nemico comune.